A londoni University College hallgatója volt geológia-biológia szakon, 1902-ben diplomázott, doktori értekezését a müncheni egyetemen védte meg 1904-ben. Ezután a manchesteri egyetemen kapott katedrát, az első női előadók közé tartozott. 1918-ban jelent meg Married Love and Wise Parenthood (Házastársi szerelem és a bölcs szülő) című könyve, amely őszintén beszél a nők szexuális igényeiről és a fogamzásgátlásról. 1923-ban jelent meg a Contraception: Its Theory, History, and Practice (A fogamzásgátlás elmélete, története és gyakorlata), mindkettőt számtalan nyelvre lefordították. (Kettőt magyarra is.) Hetvennél több könyvet publikált, több egyesületet alapított, hogy a fogamzásgátlás módszereit megismertesse. Férjével együtt Londonban létrehozták Anglia első családtervezési klinikáját. 1999-ben az angol újságolvasók szavazatai alapján Marie Stopes lett a Woman of the Millenium (az évezred asszonya).