Alexandriában született (feltehetően) 355-ben, a matematikus Theón lányaként. Egyesek szerint tudásával és értelmével „messze túlszárnyalta saját korának filozófusait”. Apollóniosz és Diophantosz geometriájához írt megjegyzéseket, zenélt, platóni és arisztotelészi filozófiát tanított Athénban és Alexandriában, ahol akadémiát is nyitott, és megjelentetett egy asztronómiáról szóló könyvet. Aszkéta életet élt, kérőit elutasította. 

Hüpatia erényei azonban (bármennyire is keresztényiek voltak) nem csillapították az ellenséges helyi keresztényeket. 412-ben Kürillosz, egy keresztény fanatikus, eretnekvadász és zsidógyűlölő lett Alexandria püspöke, aki 415-ben, húsvét táján a zsidó lakosságra uszította híveit. Emiatt konfliktusba került a helytartóval, Oresztésszel - mire elterjedt a szóbeszéd, hogy biztosan Hüpatia babonázta meg a helytartót. Kürillosz boldogan használta fel ürügynek az egyébként is ferde szemmel nézett, boszorkánynak tartott pogány filozófusnőt.

Egy dühös prédikációja után egyik követője, Péter (János kopt püspök szerint „Jézus tanainak minden szempontból tökéletes követője”) Hüpatia iskolája ellen vezette a felhergelt tömeget. A filozófusnőt lefogták, kagylóhéjakkal megnyúzták, majd tűzre vetették. Megvesztegetéssel gondoskodtak arról, hogy Hüpatia gyilkosait ne helyezzék vád alá. Kürillosz karrierje a katolikus egyházon belül magasra ívelt: szentté avatták. 

Hüpatia műveit gyilkosai elégették, egy levelén kívül semmi sem maradt meg tőle az utókorra. 

Nevét őrzi a Hold egyik krátere, valamint egy feminista filozófiai folyóirat. 

2009-ben film készült az életéről. 

Felhasznált irodalom: