Szigorú kálvinista családban nőtt fel, középiskoláit Berlinben járta, majd 1896-tól bölcsész vendéghallgató volt az ottani egyetemen. Tanulmányait Glasgowban majd a berni egyetemen folytatta, ahol 1901-ben megvédte doktori értekezését.

1905-ben alapító tagja volt a Bund für Mutterschutz-nak (BfM, Anyavédő egyesület), és szerkesztője volt az egyesület lapjának, a Mutterschutz-nak, majd később a Die Neue Generation-nak (Az új generáció).

"A polgári közvéleményt legjobban felforgatta az anyavédelmi szövetség működésében az a tény, hogy nem akart különbséget tenni törvényes és nem törvényes anya és gyermek között. Ez akkor még igen nagy dolog, forradalmi álláspont volt.Helene Stöcker magára zúdította vele az egész „jólnevelt” társadalom haragját. Az evangelikus nőszövetség tiltakozott az ellen, hogy elhagyják a „bukott nő” megjelölést s a német országos nőszövetség megtagadta az akció támogatását. Még a liberális sajtó se mert állást foglalni Stöcker mellett, akinek a személyét legközelebb érő támadásokat kellett elviselni" - írja a Korunk.

A magyar Feministák Egyesülete lapja, A Nő és a Társadalom 1907/8. számában Pogány Paula fordításában közölte "A háztartás mint hivatás" című cikkét, melyben így ír:

"Égetően szükséges volna tehát, hogy a sokat fáradozó háziasszonyokban felébresszük méltóságuk erősebb érzetét és munkájuk értékének tudatára ébresszük őket. Tudniok kell, hogy intéző és szervező vagy éppen közvetlenül cselekvő munkájuk őket vagyonilag függetlenné teszi. Anyagi függetlenség nélkül szellemi függetlenség sem létezhetik. Mennyi házasságot tenne boldogabbá, ha az asszony tudná, hogy ő nem első, fizetés nélküli cselédje a férjének, akitől a pénzt mindenféle csellel és ravaszkodással kell kikoldulni, hanem szabad egyén, aki éppen úgy, mint férje, s a j á t munkássága által keresi meg életszükségleteit. És éppen olyan áldásos volna, ha a férfi is belátná ezt."

Harcolt a homoszexualitás dekriminalizálásáért, az abortusz engedélyezéséért, szexuális nevelésért, a nők szociális és politikai egyenlőségéért.

"A feminizmus első hőskorában, amelyben Helene Stöcker megkezdi tevékenységét, a hivatalos feminizmus meglehetősen hűvösen és tartózkodóan viselkedett a szerelem problémájával szemben. Ugy tett, mintha ez nem igen tartozna reá. Talán egészen helyes taktikai érzékből: a közvélemény még akkor annyira készületlen volt a téma felől őszinte szót hallani, hogy félt az egész nő-mozgalmat kompromittálja vele. Ezért maradt egyedüljáró, disszidens feministák vállára, akik, mint Helene Stöcker, merték vállalni a problémafelvetés ódiumát. Ma a kérdés nekünk megint nem úgy aktuális, ahogy akkor felvetették; de akkor az igazán őszinte s adolgokat végiggondoló ember nem térhetett ki előle." (Korunk, 1929)

A háborús években érdeklődése a békemozgalom felé fordult, 1919-ben részt vett Zürichben a nemzetközi női békekonferencián. 1922-ben  jelent meg életrajzi elemekkel átszőtt egyetlen regénye, a Liebe (Szerelem).

"Stöcker az uralkodó férfimorál és a szexuális életről szóló hamis társadalmi megítélések és előítéletek ellen harcolt. Szellemileg szabad volt, amennyire egy ember a társadalomban szabad lehet, nem tartozott egy politikai párthoz sem és nem volt megvesztegethető. 1929-ben, amikor ünnepelték Helene Stöcker által alapított Anyavédelmi Egyesület közel 25 évfordulóját és az alapítónő hatvanadik születésnapját, a konzervatívok és a kommunisták, a liberálisok és az anarchisták, a szociáldemokraták és a parlament elnöke egyformán gratuláltak neki. De 1933-ban sürgősen betiltották a világszerte ismert folyóiratát, az Anyavédelmi Egyesületet pedig átvették a nácik, akik feladatul tűzték a gyengeelméjű és örökletes betegségekben szenvedő nők és gyerekek sterilizálását." - írja doktori disszertációjában Hrotkó Larissza. 

A nácik hatalomrakerülésekor először Svájcban, majd Angliában élt, 1942-ben az Egyesült Államokba emigrált. 

Művei:

• Die Liebe und die Frauen 
• Das Werden der neuen Moral
• Erotik und Altruismus
• Verkünder und Verwirklicher
• Liebe