Skibbereenben született, jómódú, a művészetek és a tudomány iránt érdeklődő családba. Testvéreivel együtt otthon nevelkedett, többek között latint, görögöt, matematikát és csillagászatot tanult, apja teleszkópjával vizsgálta az eget.

15 évesen írta meg első, tudománytörténettel foglalkozó cikkeit az Edinburgh Review számára. Az Encyclopædia Britannica szerkesztői  megbízták 30 csillagász életrajzának megírásával a lexikon részére. Dolgozott a Dictionary of National Biography és a Catholic Encyclopedia felkérésére is.  Tagja volt a British Astronomical Association -nek és 1903-ban a Royal Astronomical Society tiszteletbeli tagjává választották. 1893-ban a Royal Institution az  Actonian Prize díjat adományozta neki. A Holdon a Clerke kráter viseli a nevét.   

Néhány munkája: A Popular History of Astronomy during the Nineteenth Century; The System of the Stars; The Herschels and Modern Astronomy; Problems in Astrophysics; Modern Cosmogonies.