Boston előkelő köréhez tartozó családba született, gyenge egészségi állapota miatt otthon magántanárok tanították. 1850-ben házasságot kötött Jean Louis Rodolphe Agassiz svájci természettudóssal, akit elkísért expedícióira
Az Instituto Pedagógico de la Universidad de Chile hallgatója volt, 1905-ben diplomázott. Posztgraduális tanulmányait a Columbia egyetemen és a Sorbonne-on folytatta. 1915-ben amerikai mintára létrehozta