Az első nő, aki a nairobi egyetemen doktori címet és katedrát szerzett. Az első afrikai nő, aki PhD fokozatot szerzett állatorvosi szakon. Később a kar dékánja lett. Professzori kinevezése után férje elhagyta őt és három gyereküket, a válás indoka: Wangari "túl iskolázott, túl erős, túl sikeres és túl nehezen kezelhető” „nem engedelmeskedik a férfiaknak, ezzel megszegi az afrikai tradíciókat”. (A bíróság egyetértett a férjjel.)
Wangari indította el 1977-ben egy, a saját kertjében létesített faiskolával a , melynek célja a kivágott fák, erdők pótlása a kenyai föld megóvása érdekében. (Innen kapta a Fák Asszonya - Mama Mici - nevet.) A mozgalom gyorsan terjedt, az 1980-as évek elején már majdnem 3000 nő több mint 600 faiskolát gondozott. A mozgalom több afrikai országban is népszerűségre tett szert.
Küzdött hazájában a diktatúra és korrupció ellen, továbbá a nők jogaiért is. Többször börtönbe került. A Kenyai Nők Nemzeti Tanácsának tagja, majd elnöke volt.
Wangari számos nemzetközi kitüntetés tulajdonosa, mint pl. a Goldman Environmental Prize of the Goldman Foundation, The Hunger Project's Africa Prize for Leadership, UN's Africa Prize for Leadership, Better World Society Award, Alternative Nobel Prize, Right Livelihood Award, Legion d’Honneur.
2004-ben - első afrikai nőként - Nobel-békedíjat kapott „a fenntartható fejlődéshez, demokráciához és békéhez való hozzájárulása” miatt. Maathai egyúttal választott parlamenti képviselő és 2003. január – 2005. november között környezetvédelmi és természeti erőforrás miniszterhelyettes volt.